Anne Freaks nói về ba thiếu niên ra sức lật đổ một tổ chức tôn giáo khủng bố, tên là Kakusei. Anna là con gái của người lãnh đạo tổ chức này, nhưng cô được cứu ra khi còn nhỏ. Anna lấy việc tiêu diệt nhóm Kakusei làm mục tiêu của đời mình. Trong quá trình này, Anna gặp hai người bạn thưở nhỏ cũng từ trong tổ chức ra: Yuri - một cậu học sinh nhút nhát có bà mẹ độc đoán, và Mitsuba - một học sinh cá biệt ở chung với bố và chị.

Yuri gặp Anna khi đang tìm cách thủ tiêu xác mẹ mình - bà tự tử chết. Mitsuba lại gặp hai người khi bố và chị bị nhóm Kakusei thủ tiêu.